Prodi Perbankan Syari’ah dan Ekonomi Islam Institut Pesantren Mathali’ul Falah (IPMAFA) didirikan pada tanggal 4 September 2008, berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor: Dj. I/302/2008 untuk program Sarjana Strata 1 (S1). Sedangkan ijin operasional program studi Perbankan Syari’ah berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : Dj. I/303/2008 tanggal 4 September 2009, dengan pejabat penandatangan SK  Mohammad Ali.
Sebelumnya, Prodi tersebut memakai nama Prodi Perbankan Syariah (PS) saja. Setelah STAIMAFA resmi alih status menjadi IPMAFA, Prodi PS berganti nama menjadi Prodi Perbankan Syariah dan Ekonomi ISlam.
Dibukanya prodi Perbankan Syari’ah dan Ekonomi Islam dilandasi oleh beberapa pemikiran, antara lain; Pertama, adanya kenyataan bahwa wilayah Pati Utara merupakan salah satu sentra perekonomian masyarakat padat karya yang ditandai dengan banyaknya usaha ekonomi berskala kecil hingga menengah dan dikelola oleh masyarakat. Salah satu kendala yang seringkali dihadapi mereka adalah masalah permodalan, dimana mereka sulit mendapatkan akses modal dari perbankan. Kedua, menjamurnya lembaga jasa keuangan konvensional berbasis bunga yang menawarkan jasa peminjaman modal tetapi kenyataannya justru menambah beban biaya produksi (cost of production). Ketiga, mayoritas masyarakat Pati beragama Islam  dan meyakini bunga sebagai representasi riba yang diharamkan. Keempat, adanya tuntutan global bahwa sekalipun sejak tahun 90-an di Indonesia sudah berkembang secara masif lembaga keuangan (bank/non bank) yang beropreasi dengan sistem syari’ah, tetapi masih terdapat beberapa kelemahan, seperti minimnya sumbar daya insani yang memiliki skill praktis memadai sekaligus kedalaman keilmuan syari’ah, serta lemahnya pemahaman masyarakat akan keberadaan dan sistem perbankan syari’ah.
Berdasarkan pertimbangan-pertimbangan di atas, prodi Perbankan Syari’ah didirikan sebagai jawaban atas berbagai tantangan sekaligus menjawab setiap peluang yang ada, khususnya peluang pengembangan ekonomi syari’ah di Indonesia.